Arrêts de travail : ce que les entreprises doivent anticiper

Les arrêts maladie sont devenus, ces dernières années, un sujet central pour les entreprises. Ils touchent bien sûr à la santé des salariés et à leur protection sociale, mais également à des problématiques très concrètes d’organisation du travail, de remplacement, de maintien dans l’emploi, de prévention et de retour après une absence longue.

Depuis plusieurs années, les pouvoirs publics cherchent parallèlement à mieux maîtriser les dépenses liées aux indemnités journalières et à renforcer le suivi des personnes en arrêt de travail.

Une nouvelle étape est franchie ce 1er septembre 2026.

Le décret n° 2026-498 du 12 juin 2026, pris en application de la loi de financement de la Sécurité sociale pour 2026, fixe désormais une durée maximale de principe pour les prescriptions d’arrêts de travail : 31 jours pour un arrêt initial et 62 jours pour une prolongation.

Une évolution importante, mais qui doit être interprétée avec précaution : il ne s’agit ni d’une interdiction des arrêts maladie de longue durée, ni d’une limitation globale à deux mois de la durée pendant laquelle un salarié peut rester en arrêt.

Une première prescription désormais plafonnée à 31 jours

C’est le changement le plus immédiatement visible. Pour les prescriptions établies à compter du 1er septembre 2026, la durée d’un premier arrêt de travail est, en principe, limitée à 31 jours. En d’autres termes, lorsqu’un médecin estime qu’un salarié doit interrompre temporairement son activité professionnelle pour raisons médicales, la première prescription ne peut normalement plus couvrir directement plusieurs mois. Si l’état de santé du salarié nécessite la poursuite de l’arrêt au-delà de cette période, une nouvelle évaluation médicale doit intervenir et l’arrêt peut être prolongé.

Cette mesure concerne les arrêts prescrits par les professionnels habilités visés par les textes, notamment les médecins mais aussi, dans le cadre de leurs compétences professionnelles respectives, les chirurgiens-dentistes et les sages-femmes. L’objectif poursuivi est notamment de favoriser un suivi médical plus régulier des personnes dont l’état de santé nécessite une interruption prolongée de leur activité professionnelle. Le Conseil constitutionnel a d’ailleurs relevé, lors de son examen de la loi de financement de la Sécurité sociale pour 2026, que le législateur entendait à la fois assurer un suivi médical régulier des personnes en arrêt et contribuer à la maîtrise des dépenses d’indemnités journalières.

Les prolongations limitées à 62 jours

Le dispositif distingue clairement la première prescription de ses éventuelles prolongations.

Après un arrêt initial, une prolongation peut être prescrite lorsque l’état de santé du salarié ne permet toujours pas une reprise du travail. À partir du 1er septembre 2026, chaque prolongation est en principe limitée à 62 jours. Cela ne signifie donc pas qu’un salarié ne pourra plus être arrêté pendant trois, six ou neuf mois. C’est un point essentiel.

La réforme plafonne la durée d’une prescription ou d’une prolongation, et non nécessairement la durée totale de l’arrêt de travail. Un salarié atteint d’une pathologie nécessitant plusieurs mois d’interruption pourra ainsi continuer à bénéficier de prolongations successives lorsque son état de santé le justifie. Le Conseil constitutionnel l’a expressément relevé : le nombre de prolongations susceptibles d’être prescrites pour un même arrêt de travail n’est pas limité par cette réforme. Pour les entreprises, il serait donc erroné de considérer qu’un arrêt prendra automatiquement fin au terme de 31 ou 62 jours. La décision de reprise reste liée à la situation médicale du salarié.

Des dérogations restent possibles lorsque l’état du patient le justifie

Autre nuance majeure : les plafonds de 31 et 62 jours ne sont pas totalement rigides. La loi prévoit la possibilité pour le professionnel de santé de déroger à ces durées lorsque la situation médicale du patient nécessite un arrêt plus long. Dans ce cas, le prescripteur doit justifier sur la prescription la nécessité d’une durée supérieure, au regard de la situation du patient et, lorsqu’elles existent, des recommandations établies par la Haute Autorité de santé.

La logique du dispositif apparaît ainsi plus clairement. Il ne s’agit pas d’imposer artificiellement une reprise du travail après un mois ou deux mois. Il s’agit plutôt d’établir une durée de référence maximale pour les prescriptions, tout en maintenant la possibilité de s’en écarter lorsqu’une situation médicale le nécessite. Pour les salariés confrontés à des pathologies lourdes, des traitements longs ou certaines situations particulières, la continuité de l’arrêt demeure donc possible.

Ce qui change réellement pour le salarié

Dans la vie quotidienne du salarié, la principale conséquence de la réforme pourrait être une multiplication des points de suivi médical pour les arrêts longs.

Prenons un exemple. Un salarié est placé en arrêt de travail le 15 septembre 2026. Sauf justification médicale permettant une dérogation, sa première prescription ne pourra pas excéder 31 jours. Si, à l’issue de cette période, son état ne lui permet toujours pas de reprendre son activité, son arrêt pourra être prolongé. Cette prolongation pourra alors couvrir jusqu’à 62 jours.

Si une nouvelle prolongation est nécessaire à son terme, elle pourra à nouveau être prescrite selon les règles applicables. Pour certains salariés, cela impliquera donc davantage de rendez-vous médicaux au cours d’un arrêt de longue durée. L’enjeu sera particulièrement important dans les territoires où l’accès à un médecin traitant ou à certaines spécialités est déjà difficile. La réforme devra donc être observée non seulement sous l’angle de la maîtrise des arrêts, mais également sous celui de l’accès aux soins.

Une réforme qui ne donne pas de nouveaux pouvoirs médicaux à l’employeur

Du côté des entreprises, une confusion doit absolument être évitée. La réforme ne permet pas à l’employeur de décider qu’un arrêt est trop long, de demander au salarié de reprendre son poste au terme des 31 jours ou de remettre en cause lui-même la justification médicale de l’absence.

La prescription de l’arrêt de travail reste un acte médical. L’Assurance Maladie rappelle d’ailleurs qu’un arrêt doit être prescrit lorsqu’il est nécessaire à l’amélioration de l’état de santé du patient et qu’il permet notamment à l’assuré de bénéficier du repos nécessaire tout en percevant, lorsqu’il remplit les conditions requises, des indemnités journalières destinées à compenser une partie de sa perte de salaire.

Pour les RH et les managers, la frontière doit donc rester nette. L’entreprise gère les conséquences organisationnelles de l’absence ; elle n’a pas à se substituer au professionnel de santé dans l’appréciation de l’état médical du salarié.

Pour les RH, une gestion des absences potentiellement plus séquencée

Si les principes restent les mêmes, la réforme pourrait néanmoins modifier la gestion administrative des absences longues. Un arrêt de plusieurs mois pourra désormais être davantage fractionné en différentes prescriptions et prolongations. Les équipes RH et paie devront donc être particulièrement vigilantes sur la réception et le traitement des différents justificatifs, les dates de début et de fin d’arrêt, les prolongations ainsi que la transmission des informations nécessaires aux organismes concernés.

Cette évolution peut sembler purement administrative, mais elle aura également un effet sur la visibilité dont disposent les entreprises. Un employeur qui recevait auparavant un arrêt couvrant d’emblée plusieurs mois pouvait disposer d’une visibilité relativement longue sur l’absence prévisible du salarié.

Avec des prescriptions plus courtes, cette visibilité peut diminuer. Pour les managers, cela peut compliquer certaines décisions : faut-il prolonger un remplacement ? Réorganiser durablement une équipe ? Reporter un projet ? Redistribuer certaines responsabilités ?L’enjeu sera de trouver un équilibre entre la nécessaire continuité de l’activité et une réalité fondamentale : l’entreprise ne peut pas présumer de la date de guérison ou de reprise d’un salarié.

Arrêts maladie : plusieurs changements se sont déjà succédé depuis 2025

La réforme du 1er septembre 2026 ne constitue pas une mesure isolée. Elle s’inscrit dans une transformation plus large du régime des arrêts de travail et de leur indemnisation. Depuis le 1er avril 2025, le plafond de salaire pris en compte pour calculer les indemnités journalières maladie de la Sécurité sociale a notamment été abaissé de 1,8 à 1,4 Smic. Le principe de calcul reste que l’indemnité journalière maladie correspond à 50 % du revenu d’activité antérieur déterminé selon les règles du Code de la sécurité sociale.

L’Assurance Maladie indique qu’au 1er juillet 2026, le montant maximal de l’indemnité journalière maladie de base est de 42,97 euros par jour pour les arrêts prescrits à compter de cette date. Les indemnités restent par ailleurs versées après un délai de carence de trois jours dans le régime général, sous réserve des situations particulières et des dispositifs conventionnels ou d’entreprise plus favorables.

Pour les salariés dont la rémunération dépasse le plafond pris en compte par la Sécurité sociale, la question du maintien de salaire par l’employeur et des garanties de prévoyance est donc particulièrement importante. Les conventions collectives, accords d’entreprise ou régimes de prévoyance peuvent en effet modifier très sensiblement le niveau de rémunération effectivement maintenu pendant l’absence.

La téléconsultation est elle aussi davantage encadrée

La réglementation des arrêts de travail a également évolué du côté de la télémédecine. La prescription d’un arrêt à distance est désormais strictement encadrée et la durée des arrêts prescrits en téléconsultation est en principe limitée à trois jours, sauf exceptions prévues par les textes. L’Assurance Maladie présente cette mesure comme l’un des dispositifs participant au bon usage des arrêts de travail. Cette évolution s’inscrit dans une tendance générale : sécuriser davantage la prescription, renforcer le contrôle et limiter les possibilités de détournement.

Les formulaires papier ont également été sécurisés

La lutte contre les faux arrêts constitue un autre volet de cette politique. L’Assurance Maladie a renforcé la sécurisation des arrêts de travail papier à travers un nouveau formulaire Cerfa sécurisé, tandis que la dématérialisation des prescriptions permet de réduire certains risques de falsification. Pour les entreprises, cette évolution est loin d’être anecdotique. La fraude documentaire autour des arrêts maladie peut placer les employeurs dans des situations particulièrement délicates : doute sur l’authenticité d’un document, nécessité de procéder à des vérifications, risque de conflit avec le salarié et difficulté à distinguer une véritable anomalie d’une simple erreur administrative.

La sécurisation des documents vise précisément à réduire cette zone d’incertitude.

Le vrai sujet pour les entreprises : prévenir plutôt que simplement gérer l’absence

Au-delà des nouvelles durées de prescription, cette réforme devrait surtout inviter les entreprises à reposer une question plus large : que fait-on avant, pendant et après un arrêt de travail ? La gestion d’un arrêt maladie ne devrait pas commencer le jour où le certificat arrive au service RH. Lorsque les absences se multiplient dans une équipe ou deviennent longues, elles peuvent parfois constituer un signal à analyser : charge de travail, organisation défaillante, tensions managériales, usure professionnelle, troubles musculosquelettiques, difficultés de conciliation entre certaines contraintes du poste et l’état de santé des salariés… Évidemment, toute absence ne trouve pas son origine dans le travail. Mais les indicateurs d’absentéisme peuvent néanmoins être utilisés comme des outils de prévention, à condition de ne pas les transformer en instruments de suspicion individuelle. C’est probablement l’un des principaux défis pour les politiques RH : passer d’une logique consistant uniquement à « gérer les absents » à une logique visant à comprendre les déterminants collectifs de certaines absences et à sécuriser les retours.

L’arrêt long doit également préparer la reprise

Plus un arrêt se prolonge, plus le retour au travail peut devenir délicat. Le salarié peut avoir perdu certains repères, son poste peut avoir évolué, l’équipe peut s’être réorganisée et les conditions ayant précédé l’arrêt peuvent parfois être toujours présentes. C’est pourquoi l’anticipation de la reprise constitue un enjeu majeur. Une visite de pré-reprise peut notamment être organisée pour les salariés en arrêt de travail de plus de 30 jours. Elle vise à anticiper les difficultés éventuelles et à réfléchir aux solutions possibles : adaptation ou aménagement du poste, reclassement ou encore formation professionnelle.

Cette démarche peut être déterminante. Attendre le matin de la reprise pour découvrir qu’un salarié ne peut plus exercer son activité exactement dans les mêmes conditions est rarement la meilleure solution, ni pour lui ni pour l’entreprise. Pour les RH, les services de prévention et de santé au travail doivent donc être considérés comme de véritables partenaires du maintien dans l’emploi.

Une vigilance particulière pour les managers

Les managers de proximité seront eux aussi directement concernés. Face à un arrêt qui se prolonge, ils se retrouvent souvent dans une position inconfortable : maintenir le fonctionnement de l’équipe sans savoir exactement quand le collaborateur reviendra. La réforme pourrait accentuer cette incertitude puisque les arrêts longs pourront davantage se matérialiser par une succession de prescriptions. Cela impose une évolution des pratiques managériales. Il faut pouvoir organiser le travail sur plusieurs scénarios plutôt que construire toute l’activité autour d’une date de retour supposée. Il faut également préserver la confidentialité médicale du salarié et éviter les demandes intrusives sur son état de santé. Enfin, il faut préparer le retour sans considérer qu’un salarié revenant d’un arrêt long retrouvera nécessairement, dès son premier jour, exactement le même rythme qu’avant son absence. Le retour au travail constitue parfois une étape à part entière du parcours de santé.